工業
甲殼素在工業上被用于許多不同的用處。甲殼素被用于水和廢水凈化，作為食品添加劑應用到和藥品中起到增稠作用穩定食品和藥品狀態。甲殼素還可以作為染料、織物、黏合劑。工業的分離薄膜和離子交換樹脂可制成甲殼素。加工紙的大小和強度也使用甲殼素。
醫藥
甲殼質的產物作為堅韌和強的材料利于作為外科線。另外有一些不尋常的特性，甲殼素加速人體傷口愈合，甲殼素甚至成為一個單獨的傷口愈合劑。 在生醫材料上的相關應用研究很多，具有良好的生物相容性、無生物毒性、價格低廉、容易改質、機械強度較好等優點。
美容
甲殼素對細胞無排斥力，具有修復細胞之功效，并能減緩過敏性肌膚，且日本研究證實甲殼素具有抗氧化的能力，能活化細胞，防止細胞老化，促進細胞新生帶。
服裝
室溫時，每100克甲殼素粉末可以吸附200～225克的百分之40wt的氫氧化鈉溶液，其中吸水為100克左右。甲殼素的吸附值與堿溶液的濃度和吸附溫度有關。在零度時，對于百分之20～30wt的氫氧化鈉溶液，每100克甲殼素粉末可以吸附高達800克左右，其中水為600左右。甲殼素具有天然抑菌功效，百分之90以上的常見細菌在甲殼素纖維上不能存活；因此甲殼素纖維與彩棉貨純棉等纖維制成的面料特別適合做嬰幼兒服裝及男女內衣。
在食品工業中的應用
殼聚糖在食品工業中可作為黏結劑、保濕劑、澄清劑、填充劑、乳化劑、上光劑及增稠穩定劑；而作為功能性低聚糖，能降低膽固醇，提高機體免疫力，增強機體的抗病抗感染能力，尤其有較強的抗腫瘤作用。因其資源豐富，應用價值高，已被大量開發使用。工業上多用酶法或酸法水解蝦皮或蟹殼來提取殼聚糖。
在輕工業方面的應用
利用殼聚糖的可溶性和成膜性，以殼聚糖與甲殼素化學結構的可相互轉換的特點，采用乙酸酐作為殼聚糖-甲殼素的轉型固定劑，從而制成一種甲殼素型且不含甲醛的新型織物整理劑（既保留了甲殼素天然高聚物的優點，又保證了整理劑與整理工藝）。
在環保方面的應用
殼聚糖能與戊二醛作用，用流延法制備離子交換樹脂-殼聚糖交聯膜，該樹脂可吸附金屬離子，從而可用于工業廢水的處理及重金屬的提取。殼聚糖能通過分子中的氨基、羥基與金屬離子Hg+、Ni2+、Pb2+、Cd2+、Mg2+、Zn2+Cu2+、Fe3+都可形成穩定的螯合物，因而可廣泛應用于貴金屬的回收、工業廢水處理等方面。
